Ekskomunikasi adalah bagian terakhir dari disiplin gereja. Hanya ada satu dosa yang sangat serius sehingga harus diekskomunikasikan dari gereja, yaitu dosa tidak mau bertobat. Waktu jemaat telah melakukan dosa, lalu ditegur oleh hamba Tuhan, tetapi melakukan dosa lagi, ditegur lagi, tetapi tetap tidak mau bertobat, maka gereja harus melakukan ekskomunikasi untuk jemaat itu. Jemaat itu akan dikeluarkan dari gereja.

Tujuan dari ekskomunikasi ini adalah:

1. Supaya jemaat yang tidak mau bertobat itu sadar, dan akhirnya berubah.
2. Untuk menjaga gereja Tuhan, sehingga gereja Tuhan tetap mempunyai pengajaran yang benar.

Disiplin gereja diperintahkan oleh Yesus Kristus (Mat. 18:15-20). Karena itu, gereja harus melakukannya dengan hati-hati, dengan serius, dan dengan cinta kasih Tuhan.